划分过细、核算口径不一，与现代物流成本的概念差距较大，无法综合反映宏观物流活动。就宏观物流成本而言，到目前为止，中国只有基本的货物运输量和货物周转量的统计，其他相关指标均没有公开的统计资料，或零散、分散在众多的机构组织当中。同时各研究机构和职能部门之间各自为政，缺乏科学合理的宏观物流成本分析框架，各研究机构的低水平重复，统计口径相互矛盾，这就使得国内大多数企业对物流成本的概念和核算方法了解不多，少数先进的企业虽然知道物流成本的重要性，但却没有掌握正确的核算方法，即使勉强算出来，也不能有效地为企业所用。
    企业的物流活动是由供应物流、生产物流、销售物流、回收物流、废流等子系统共同组成的一个相互联系的系统，各个物流子系统间以及系统个要素间往往存在着相互联系、此消彼长的“效益背反”关系。目前，我企业的物流活动存在着没能从物流整体这一系统性的角度出发，只是片面某一单个物流职能部门的成本或某一职能部门的某一项物流费用，违背了物流整体系统和“效益背反”规律，从而引起物流总成本的增加或降低物流服务水平，导致降低企业的利润和整体竞争力。
    （五）物流成本管理对供应链应用不够。
    现阶段，我国企业只停留在依靠企业内部物流活动的分析，寻求降低物流成本的方法和措施，注重单个成本的降低，很少注意外部环境的变化，也不考虑从整个供应链的角度去增加绩效，诸如与生产和销售部门共同去研究物流成本问题，解决机构之间的壁垒问题，仍是一个较为封闭的内部决策支持系统。随着经济的发展，企业必将面临多变的市场环境和更大的生存风险，有些企业重业务发展、忽视风险防范，增加了风险防范的成本。同时，在成本信息交流、反馈以及监督评价中，重视有形成本动因，忽视无形成本动因，不能完整地反映新形势下企业的经营活动及战略思想。现今在我国制造企业内部，一方面缺乏各个职能部门之间的有效沟通的机制，部门经理很可能为了本部门的利益而做出损害企业整体利益的选择，从而导致企业内部物流运作效率低下；另一方面，物流供应链上下游间也缺乏沟通、协调与合作，不能利用物流供应链的整合效益来提升企业流运作的效率和效益，上述两方面的原因导致企业物流运作效率低下，物流成本居高不下，企业整体运营成本较高。