须制定相应的组织和管理控制，部门之间实施组织控制，部门内部实施岗位分工控制，明确部门内部各岗位相关人员的职责权限，加强组织控制。从组织机构上看，电算化会计信息系统可以分为两个专职部门：系统开发部门和系统应用部门。系统开发部门承担系统的研制和维护工作，系统应用部门负责软件的日常应用，这两个不相容的职务之间应当分离，以保证系统内不相容职责的相互分离以及信息处理部门与企业其他业务部门的相互独立，以有效减少有可能发生的错误和舞弊。因此，电算化组织控制的重点应当是系统操作组和系统操作组内部的岗位分工控制及系统开发维护人员的控制。
　　(二)加强电算化软件应用控制
　　运行控制是为了使电算化会计信息系统能适应会计处理的特殊要求而建立的各种能防止、检测及更正错误和处置舞弊行为的控制制度和措施。运行控制按其特性都可划分为输入控制、处理控制和输出控制3种类型，其目的是确保会计数据的安全、完整和有效。软件控制是审查软件对数据的计算等处理是否正确，是应用控制的关键。主要是控制方法有程序审核、数据有效性测试、数据完整性测试、短点技术控制和设置处理上机日志等。硬件控制是通过计算机硬件系统本身控制数据的准确性、完整性，一般由计算机硬件制造商进行设置。输出控制是对系统的输出结果进行控制，其主要目的是保证输出数据的准确性，输出内容的及时性和适用性，如用已结账数据打印账簿应给予必要的标识等。常用方法为检查输出数据是否准确、合法、完整;输出是否及时，能否及时反映最新的信息;输出格式是否满足实际工作的需要;数据的表示方式等是否符合工作人员的习惯。
　　(三)数据和程序控制
　　数据和程序控制主要是指对数据、程序的安全控制。程序的安全与否直接影响着系统的运行，而数据的安全与否关系到财务信息的完整性和保密性。
　　数据控制的目标是要做到任何情况下数据都不会丢失、不损毁、不泄露、不被非法侵入。通常采用的控制包括接触控制、丢失数据的恢复与重建等，而数据的备份则是数据恢复与重建的基础，是一种常见的数据控制手段，网络中利用两个服务器进行双机镜像映射备份是备份的先进形式。
　　(四)加强系统安全与网络的安全控制
　　加强系统安全控制的主要应从防止未经授权的人员擅自动用系统各种资源、减少因外界因素导致计算机故障等方面入手。主要的控制措施包括：
　　(1)订立内部操作控制，禁止非电脑操作人员操作账务专用电脑;
　　(2)设置操作权限限制;
　　(3)操作人员身份